《星际迷航：星际舰队学院 第一季》将故事聚焦于星际舰队学院的学员们。在这里，一群怀揣着探索宇宙梦想的年轻人开启了他们的学习与成长之旅。学员们要面对严格的课程训练，包括驾驶星舰、掌握先进武器系统的使用等。在一次模拟实战训练中，学员克里斯因为过于冲动，导致团队陷入危机，这让他开始反思自己的行为。同时，学员艾丽则凭借着对科学知识的精通，在研究外星生物特性方面取得了重要进展。随着剧情推进，学院遭遇了神秘势力的威胁，学员们不得不团结起来，运用所学知识和技能，与敌人展开一场惊心动魄的较量，在这个过程中，他们也逐渐从青涩的学员成长为真正的星际英雄。