《史酷比：神秘的开始》聚焦于史酷比和它的伙伴们初聚首开启冒险的故事。少年沙吉捡到了一只会说话的大丹犬，它就是史酷比，从此一人一狗开启了相伴之旅。之后，沙吉、史酷比结识了维尔玛、弗雷德和达芙妮，五人组成了神秘侦探社。他们来到酷比镇，这里流传着各种神秘传说和诡异事件。比如阴森古宅里时常传出奇怪声响，废弃游乐园中莫名出现神秘怪物。神秘侦探社凭借着智慧、勇气和史酷比的独特能力，对这些神秘事件展开调查。在一次次冒险中，他们抽丝剥茧，揭开了隐藏在神秘事件背后的真相，也让彼此的友谊更加深厚。