《犬之岛》故事设定在未来的日本城市梅岗市，市长为应对犬流感疫情，将所有狗狗流放到垃圾岛。12 岁的阿塔里是梅岗市前任市长之子，他的爱犬点点也在被流放之列。阿塔里独自驾驶小型飞机前往垃圾岛寻找点点。在岛上，他结识了五只狗狗首领，分别是首领、国王、公爵、老板和雷克斯。他们一起踏上寻找点点的旅程，过程中遭遇诸多困难，如恶劣的环境、其他流浪狗的威胁等。同时，梅岗市的学生小林在调查市长处理犬流感事件时发现诸多疑点，开始揭露市长的阴谋。最终，阿塔里不仅找到了点点，还和狗狗们一起帮助小林阻止了市长的恶行，狗狗们也得以重返城市，与人类和谐共处。