《攻壳机动队：崛起1》故事设定在近未来，人类与电子机械的融合程度不断加深。草薙素子作为公安九课的队长，带领团队应对各种复杂案件。此时，网络犯罪频发，一种名为“个别的十一人”的恐怖组织逐渐浮出水面。他们通过网络传播极端思想，制造混乱。草薙素子和队友们在调查过程中，发现“个别的十一人”背后似乎有着更深层次的阴谋。随着调查深入，他们遭遇了各种危险和挑战，不仅要与恐怖分子斗智斗勇，还要面对来自政府内部的压力和干扰。在这一过程中，草薙素子对人类与机械融合后的存在意义也产生了新的思考。