在纽约市，神龟们继续守护着城市的和平。然而，大反派施莱德死而复生，他与外星恶势力勾结，妄图统治世界。施莱德的手下牛头和猪面绑架了科学家巴克斯特·斯多克曼博士，迫使他研发出变异药剂。神龟们的好友艾普尔·奥尼尔和记者弗恩·芬威克为了调查此事，陷入危险。神龟们在莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗的带领下，与施莱德及其邪恶势力展开了激烈战斗。他们不仅要面对强大的敌人，还要应对内部的矛盾和分歧。最终，神龟们凭借着勇气、智慧和团队合作，成功击败了施莱德，拯救了纽约市。