《圣剑学院的魔剑使》的故事围绕着主人公艾莉丝展开。艾莉丝是一名拥有特殊能力的魔剑使，她来到了汇聚众多魔剑使的圣剑学院。在学院里，等级森严，实力至上。艾莉丝起初并不被看好，因为她有着神秘的过去且实力未完全展现。 学院时常面临来自外界魔物的威胁，魔剑使们需要不断提升实力应对。艾莉丝结识了性格各异的同学，如开朗热情的莉莉和沉稳冷静的凯。他们一起经历了无数次战斗，在战斗中逐渐成长。艾莉丝也在一次次危机中，挖掘出自己魔剑的真正力量。 随着故事发展，学院背后隐藏的巨大阴谋逐渐浮出水面，艾莉丝和伙伴们能否凭借手中的魔剑，揭开真相，守护学院与世界的和平，成为故事的一大看点。