《药屋少女的呢喃》围绕着女主角铃展开。铃本是药屋的少女，因某些缘由被卖入后宫成为最低等的宫女。在后宫这个充满阴谋与算计的地方，铃凭借自己丰富的药学知识和聪慧的头脑，不断解开各种谜团。比如，当后宫中有人突然患病，众人都束手无策时，铃能通过观察症状、分析环境，找出致病的真正原因。她还凭借对毒药和解药的了解，识破了多起针对妃嫔和皇子的阴谋。尽管铃只想低调生活，但她的才能还是引起了掌事宦官壬氏的注意。壬氏将她安排到皇帝身边，从此铃在后宫的影响力逐渐扩大，她一边应对后宫的复杂人际关系，一边用自己的智慧守护着那些需要帮助的人。