《远古入侵第三季》延续前作风格，继续讲述异常点开启后远古生物降临现代世界的故事。尼克·卡恩博士加入团队，与艾比、康纳等一起应对新的危机。本季中，各种远古生物频繁通过异常点出现在现代社会，有凶猛的恐龙、巨大的昆虫等，给人类带来极大威胁。比如有一集，一群迅猛龙出现在城市中，四处攻击人类，造成恐慌。团队成员凭借专业知识和智慧，一次次追踪异常点、捕捉或驱赶远古生物。同时，团队内部也面临着新的挑战，尼克与其他成员在应对危机的方式上存在分歧，产生了不少矛盾。但在共同对抗远古生物的过程中，他们逐渐磨合，携手保护人类世界免受远古生物的侵害。