《恶役千金LV99～我是隐藏BOSS但不是魔王～》围绕着女主角艾莉丝展开。艾莉丝本是游戏中的恶役千金，却意外带着前世记忆转生到游戏世界。在这个世界，她发现自己拥有远超常人的能力，等级达到了惊人的LV99，成为隐藏BOSS。艾莉丝深知原剧情走向，为了改变恶役千金的悲惨结局，她开始利用自己的强大实力行动。她凭借魔法天赋解决各种难题，帮助他人的同时也逐渐改变着周围人对她的看法。她与男主角相遇后，两人的关系也在不断变化，在一次次冒险中，艾莉丝不仅要应对来自各方的挑战，还要努力打破既定的命运轨迹，书写属于自己的全新故事。