《沉默的舰队第一季～东京湾大海战～》围绕着日本海上自卫队的核潜艇“相模”号展开。艇长海江田四郎对日本在国际事务中软弱的外交姿态深感不满，他决心以强硬手段改变现状。于是，“相模”号脱离了常规指挥体系，海江田四郎带领船员们开始了一场大胆且危险的行动。他们的目标是迫使日本政府重新审视国家的军事和外交政策。在这个过程中，“相模”号与各方势力产生了激烈冲突，尤其是引发了东京湾的大海战。这场海战惊心动魄，各方战舰你来我往，炮火纷飞。同时，海江田四郎的行为也引发了国内国际的广泛关注和争议，有人认为他是英雄，有人则视他为叛逆者。故事就在这样的矛盾与冲突中不断推进，展现了复杂的政治、军事和人性问题。