《穿越时空的少女1983》围绕着少女绀野真琴展开。真琴是个大大咧咧的高中生，一次意外让她获得了穿越时空的能力。起初，她只是用这能力解决一些生活小事，比如避免迟到、拿回忘记的东西。随着不断使用能力，她开始用它来帮助朋友。她帮好友千昭寻找神秘的音乐盒，在这个过程中，真琴与千昭的关系逐渐升温。然而，穿越时空并非毫无代价，每使用一次能力，就会失去一些重要的东西。当她意识到千昭来自未来，且即将回到自己的时空时，真琴开始珍惜剩下的时间，努力在有限的时光里与千昭留下美好的回忆，也在一次次时空穿越中，学会了成长与珍惜当下。