《图书馆战争》的故事设定在一个书籍受到严格审查的世界。笠原郁原本是个普通女孩，因偶然目睹图书馆员与媒体良化队的冲突，被图书馆员的英勇所打动，决定加入图书馆特殊部队。在训练过程中，笠原郁结识了同期生，也遇到了严厉又有魅力的教官堂上笃。他们一边接受高强度的战斗和知识训练，一边要应对媒体良化队对图书馆的各种挑衅。随着剧情发展，笠原郁逐渐成长为一名优秀的图书馆战士，和队友们一起守护着人们阅读自由的权利，在一次次的战斗中，他们的信念愈发坚定，也让更多人意识到书籍和知识的重要性。