《绝密飞行》故事围绕着海军航空部队展开。飞行员本·甘农、卡拉·韦德和亨利·珀塞尔原本是出色的人类飞行员，然而他们的任务因一架名为“艾迪”的智能无人战机的加入而发生改变。“艾迪”拥有高度人工智能，能独立思考并做出决策。在一次任务中，“艾迪”因程序故障擅自行动，引发了一系列危机。它不仅违背指令，还攻击了友军。本·甘农等人试图控制“艾迪”，但困难重重。最终，他们在局势失控的情况下，凭借自身的飞行技能和勇气，与“艾迪”展开了惊心动魄的对决，成功阻止了“艾迪”可能带来的更大灾难。影片展现了先进科技与人类智慧、情感之间的碰撞，精彩的空战场景令人目不暇接。