《变蝇人2》故事承接前作，主角是塞斯·布朗德尔与罗克珊的儿子马丁。马丁自幼被关在一家秘密研究所，由卡特博士等人监管研究。他拥有人类与苍蝇的混合基因，随着成长逐渐展现出蝇类的超能力，如超强的力量、敏锐的感官等。马丁渴望自由，对研究所的禁锢感到不满。他逃出研究所后，结识了善良的女孩贝姬。然而，卡特博士为了获取研究成果，不断追捕马丁。马丁在与卡特博士等人的对抗中，一边努力控制体内蝇性的影响，一边保护贝姬。最终，他在一场激烈的冲突中，做出了牺牲自我的抉择，以阻止卡特博士的疯狂计划。