《轩辕剑之汉之云》以三国时期为背景，讲述了飞羽部队的故事。飞羽分为铜雀和银月两支小队，两队立场不同却又有着千丝万缕的联系。男主角耶亚希，又名焉逢，是铜雀小队的成员，他武艺高强、重情重义。女主角横艾是飞羽中的谋士，聪慧美丽且心怀大义。在一次战斗中，焉逢结识了银月小队的端蒙，两人从最初的敌对逐渐产生了别样的情感。随着剧情发展，飞羽部队卷入了蜀汉与曹魏的纷争之中。他们在一次次的战斗和冒险中，不断成长，也面临着友情、爱情与家国大义的艰难抉择。最终，他们放下个人恩怨，携手对抗邪恶势力，共同守护天下和平。