《星球大战：异等小队第一季》围绕克隆人部队 99 小队展开，这是一支由基因突变克隆人士兵组成的特殊部队，成员包括擅长狙击的猎人、精通黑客技术的技术员、拥有超强听力的回声、力量惊人的破坏者以及具备超常感知力的omega。故事承接《星球大战：克隆人战争》，帝国崛起后，克隆人士兵被要求执行 66 号指令，屠杀绝地武士。异等小队虽也受指令影响，但他们逐渐摆脱控制，开始了反抗帝国的征程。在冒险中，他们不断躲避帝国的追捕，同时也在寻找自己的立足之地。他们接取各种任务，与帝国军队多次交锋，还结识了一些志同道合的伙伴。在这个过程中，小队成员之间的感情愈发深厚，共同为自由而战。