《无间道第三季》延续前作剧情，时间线与第一部相互穿插。刘建明恢复记忆后，试图弥补自己曾经犯下的过错。他一边要应对警方内部对他身份的怀疑，一边暗中协助杨锦荣调查黑帮势力。杨锦荣作为警方卧底，深入黑帮内部，面临着巨大的危险和心理压力。他在黑帮中周旋，获取关键情报，却也逐渐陷入情感与职责的困境。陈永仁的哥哥陈俊威为了给弟弟报仇，也卷入了这场黑白纷争。剧中各方势力相互博弈，充满了紧张刺激的情节。警方与黑帮之间的较量惊心动魄，卧底们在黑暗中坚守正义，每一次抉择都关乎生死。最终，正义能否战胜邪恶，卧底们能否完成使命，都在这一季中揭晓。