《数码宝贝2》紧接第一部剧情展开，太一、阿和等初代被选召的孩子们告别数码世界回归现实。然而，黑暗势力并未就此罢休，新的危机接踵而至。本片主角是本宫大辅，他意外获得了神圣计划，成为新的被选召的孩子，与搭档甲虫兽一起投入战斗。同时，还有井上京、火田伊织等孩子也加入进来，他们各自拥有独特性格和数码宝贝搭档。 剧情中，他们不仅要对抗不断出现的邪恶数码宝贝，还要面对神秘组织“黑暗圆环”的威胁。在战斗过程中，孩子们逐渐学会了友情、勇气与责任。而且，本片引入了数码宝贝的装甲进化和联展进化等全新设定，让战斗更加精彩。最终，孩子们凭借团结和勇气，一次次化解危机，守护了数码世界和现实世界的和平。