《石纪元第二季》延续第一季的故事，千空等人在石化灾难后重建文明。他们面临新的挑战，司帝国的残余势力与新崛起的科学王国产生冲突。司的部下组成了“武士大军”，由克罗姆的哥哥玛古玛带领，他们对科学王国发起攻击。千空凭借智慧，利用科学知识制造出火药等武器对抗。在战斗中，千空还结识了新伙伴，如擅长医术的琉歌。她的加入让科学王国在医疗方面有了进步。随着剧情推进，千空等人不仅要应对外部敌人，还要解决内部矛盾，比如成员之间理念的差异。他们不断发展科学技术，目标是让人类文明重回巅峰。