《妮基塔第三季》延续前作剧情，妮基塔与组织的斗争进入新阶段。她和迈克尔继续在暗处对抗着珀西掌控的组织，珀西则不断设局想要除掉妮基塔。这一季中，新的反派势力登场，他们与组织有着千丝万缕的联系，让局势更加复杂。亚历克斯在经历诸多磨难后逐渐成长，她在妮基塔和迈克尔的影响下，坚定地站在对抗组织的阵营中。同时，组织内部也矛盾重重，不同派系为了权力和利益明争暗斗。妮基塔等人一边要应对外部敌人，一边还要利用组织内部的矛盾来削弱其力量。在一次次惊险的任务和激烈的交锋中，他们离彻底摧毁组织的目标越来越近，但也面临着前所未有的危机和挑战。