《魔法禁书目录第二季》延续了前作的奇幻风格，故事围绕学园都市展开，这里汇聚了超能力者，同时魔法世界也暗流涌动。上条当麻依旧凭借右手的「幻想杀手」保护着身边的人。在这一季中，他与茵蒂克丝继续着日常，却不断卷入各种危机。罗马正教为了夺回拥有十万三千本魔法书记忆的茵蒂克丝，发动了对学园都市的攻击。上条当麻挺身而出，与一方通行等学园都市的超能力者们并肩作战。同时，神裂火织、史提尔等魔法师也加入到这场战斗中。各方势力在学园都市展开了激烈交锋，魔法与科学的碰撞火花四溅，上条当麻在一次次战斗中成长，守护着学园都市的和平与身边重要的人。