《盖亚奥特曼》的故事发生在新世纪，地球环境问题日益严峻，同时来自宇宙的神秘威胁也不断涌现。青年高山我梦是XIG（地球和平联合组织）的成员，也是一位热爱科学的天才少年。他在一次意外中发现自己拥有变身成盖亚奥特曼的能力，从此肩负起守护地球的重任。 在战斗过程中，我梦结识了藤宫博也，藤宫同样拥有变身能力，变身为阿古茹奥特曼。但两人对于守护地球的方式产生了分歧，我梦主张与人类携手共同对抗怪兽，而藤宫认为人类是地球的破坏者，应该让地球自行净化。于是，两人从最初的对立逐渐走向理解与合作。 随着剧情推进，各种强大的怪兽和宇宙人接连登场，盖亚和阿古茹面临着前所未有的挑战。他们不断成长，在一次次战斗中突破自我，最终成功击败邪恶势力，守护了地球的和平。