《飞天小女警第三季》延续了前作的精彩，主角依旧是花花、泡泡和毛毛三位小女警。在这一季中，小镇村面临着更多新的危机与挑战。有邪恶的莫乔乔乔，它不断想出新的阴谋诡计来破坏小镇的和平，比如制造出能控制人类思想的机器，让小镇居民陷入混乱。还有怪博士，他研发出各种危险的怪兽来攻击小镇。 三位小女警凭借各自独特的超能力应对这些危机。花花聪明冷静，总能想出解决问题的办法；泡泡天真可爱，却有着强大的超声波攻击能力；毛毛勇敢无畏，战斗时冲在最前面。在一次次战斗中，她们不仅要对抗外部敌人，还要处理彼此之间偶尔的小矛盾。但她们始终团结一心，守护着小镇村的安宁，为观众带来了一系列紧张刺激又充满欢乐的故事。