《暗之末裔》围绕阴阳师草剃护和死神黑崎密展开。草剃护表面是普通大学生，实则身负阴阳师使命，拥有强大灵力，能感知并对抗邪恶力量。黑崎密作为死神，负责引导亡灵，维持阴阳两界平衡。两人因工作产生交集，共同面对各种灵异事件。在一次调查离奇死亡案件中，他们发现死者是被邪恶怨灵诅咒。草剃护运用阴阳术与怨灵战斗，黑崎密则在旁协助，引导被怨灵困住的灵魂。随着调查深入，他们揭开一个妄图打破阴阳界限的阴谋。草剃护和黑崎密凭借各自能力，不断化解危机，在这过程中，两人的友情逐渐加深，共同守护着阴阳两界的和平。