《有栖川炼其实是女生对吧》围绕有栖川炼展开故事。有栖川炼外表帅气，在学校里是备受瞩目的存在，然而他却隐藏着一个惊人的秘密——他实际上是女生。炼为了某些原因一直以男生的身份生活着。在学校中，炼结识了一群好友，他们在日常相处中发生了一系列有趣又温馨的故事。同时，炼也面临着身份被识破的危机，每当有露出破绽的迹象时，她都要想尽办法巧妙掩饰。随着故事发展，炼的秘密逐渐有被揭开的趋势，而她与朋友们的关系也在这个过程中不断发生着变化，充满了青春的懵懂与成长的烦恼。