《新·奥特曼》设定于现代社会，人类遭遇了神秘巨大生物“祸特曼”的袭击。地球和平联合组织（SDF）为此成立了专门应对的特殊部门，早田进次郎在机缘巧合下加入其中。在与祸特曼的战斗中，早田进次郎被神秘光赋予了变身奥特曼的能力。奥特曼登场后与祸特曼展开了激烈战斗，其独特的战斗风格和能力展现令人眼前一亮。随着故事推进，人类逐渐发现祸特曼背后隐藏着更大的阴谋，奥特曼也面临着来自外星势力和人类内部不同声音的双重压力。影片在展现精彩战斗场面的同时，也探讨了人类与奥特曼、外星生物之间复杂的关系以及人类面对未知威胁时的抉择。