《念念手纪》以高中生恭一和茉莉的爱情故事为主线。恭一是个有些木讷的男孩，茉莉则活泼开朗。两人相恋后，茉莉却被查出患有罕见病，生命即将走向尽头。茉莉开始写日记，记录生活点滴，希望恭一在她离开后能通过日记继续感受她的爱。恭一起初并未察觉茉莉的病情，还因一些小事和她闹别扭。当得知真相后，他陷入痛苦，但也决定珍惜和茉莉的每一刻。他们一起做了很多浪漫的事，如看海、参加祭典等。茉莉病情逐渐加重，最终离世，而恭一靠着那本日记，带着对茉莉的思念继续生活。