《正义联盟：时间困境》中，正义联盟遭遇了前所未有的危机。达克赛德的爪牙利用时间旅行改变历史，导致世界陷入混乱。超人、蝙蝠侠、神奇女侠等超级英雄们发现，原本熟悉的世界变得面目全非。在这个错乱的时间线里，犯罪猖獗，邪恶势力横行。为了恢复时间线，英雄们必须穿越不同的时代，与各个时期的敌人战斗。他们在古埃及与神秘的法老势力交锋，在未来世界对抗机械军团。在这个过程中，英雄们内部也产生了分歧，但最终他们还是团结一心，找到了扭转时间的关键，成功击败了幕后黑手，让世界恢复了正常。