毛利侦探事务所突然收到一封挑战书，神秘人宣称要让江户川柯南从世上消失。柯南起初并未将其放在心上，然而随后他在放学途中遭遇袭击并失去意识。当他醒来时，发现自己身处一个陌生的地方，不仅身份被所有人遗忘，就连小兰、毛利小五郎等身边熟悉的人都不认识他。 柯南努力寻找真相，试图恢复自己的身份。在调查过程中，他结识了一位同样被卷入事件的女孩。他们一起追查线索，逐渐发现这背后隐藏着一个巨大的阴谋。原来，神秘组织企图利用这次事件达成不可告人的目的。 柯南凭借自己的智慧和推理能力，抽丝剥茧，最终揭开了神秘组织的阴谋，成功恢复了自己的身份，也让一切回归正轨。