《特工次世代》讲述了在一个科技发达的奇趣世界里，星航、阿卡斯等人为守护家园与邪恶势力展开斗争的故事。星航原本是开朗单纯的男孩，因父母被邪恶组织绑架，为救父母他接受改造成为特工。他和队友们凭借各自的超能力，一次次化解危机。阿卡斯曾是反派，后被感化加入正义阵营。在执行任务过程中，他们遭遇了各种强大敌人，像黑暗潜能者等。他们不仅要应对外部敌人的攻击，还要处理团队内部的矛盾和分歧。但他们始终坚守正义，为了保护大家的安全不断成长，最终成功拯救世界，也让父母团聚，守护住了美好的家园。