《鲁邦三世VS名侦探柯南剧场版》将两个不同作品的经典角色汇聚一堂。鲁邦三世是闻名世界的大盗，他与伙伴次元大介、石川五右卫门、峰不二子一同盯上了日本女王皇冠上的宝石。而柯南这边，毛利小五郎受女王委托调查宝石可能面临的危险。鲁邦三世巧妙地制造各种混乱，试图盗取宝石，柯南则凭借自己的智慧和推理能力不断破解鲁邦的诡计。在这个过程中，双方斗智斗勇，柯南多次识破鲁邦的作案手法，鲁邦也对柯南的能力感到惊叹。期间还穿插着峰不二子的暧昧周旋以及各种精彩的动作场面，比如飞车追逐、高空对决等，两大经典IP碰撞出精彩火花，带来一场紧张刺激又充满趣味的冒险。