《苍蓝钢铁的琶音剧场版》故事设定在人类与深海栖舰持续战斗的世界。伊欧娜是一艘具有自我意识的驱逐舰，她与少年千早群像等人所在的 11 驱潜艇队，一直为守护人类而战。剧场版中，他们面临着更为严峻的挑战，深海栖舰的强大新力量不断涌现，对人类的威胁与日俱增。千早群像和伊欧娜带领着团队深入敌境，在激烈的海战中，他们凭借着智慧和勇气一次次化解危机。然而，敌人的阴谋也逐渐浮出水面，背后似乎隐藏着更大的秘密。在这场惊心动魄的战斗中，11 驱潜艇队能否突破重重困难，守护住人类最后的希望，成为了故事的最大悬念。