《鲁邦三世：峰不二子的谎言》以神秘的“潘多拉石盒”为核心展开故事。鲁邦三世和他的伙伴次元大介、石川五右卫门听闻“潘多拉石盒”能实现持有者的任何愿望，决定前去夺取。然而，峰不二子也盯上了这个宝物，她表面与鲁邦合作，实则心怀鬼胎，有着自己不可告人的目的。在争夺过程中，各方势力纷纷登场，鲁邦等人遭遇重重危机。不二子为达目的不断欺骗鲁邦，甚至与敌人勾结。但鲁邦凭借智慧和勇气一次次化解危机。最终，他们揭开了“潘多拉石盒”背后惊人的秘密，而不二子也在经历一系列事件后，内心发生了转变，与鲁邦等人一同面对最终的挑战。