《男子游泳部第三季》延续前作风格，聚焦七濑遥、橘真琴、叶月渚、松冈凛等水泳部成员的故事。新学期开始，他们面临新挑战与机遇。遥在经历大赛后，对游泳的热爱更加坚定，却在选择未来道路上有所迷茫。真琴依旧守护着大家，努力协调团队氛围。凛从澳洲归来，带来新的训练理念与竞争意识。渚则以乐观态度带动团队士气。他们不仅要应对校内游泳部的日常训练、比赛，还要面对来自其他学校强劲对手的挑战。在一次次比赛中，他们不断突破自我，加深彼此间的友谊与羁绊，共同书写着属于他们的青春游泳篇章。