《马达加斯加的企鹅第一季》围绕着四只性格各异的企鹅展开，它们分别是领袖Skipper、智囊Kowalski、疯狂科学家Rico和可爱天真的Private。故事开始于它们生活在纽约中央公园动物园，然而平静的生活总被打破。一次，它们发现邪恶的章鱼Dave妄图报复所有企鹅，Dave设下陷阱，企鹅们凭借智慧和勇气一次次化解危机。在冒险过程中，它们还结识了许多有趣的伙伴，像狐猴朱利安国王和它的跟班莫里斯。企鹅们不仅要应对外部敌人，内部也会有小摩擦，比如Private偶尔会因想证明自己而闹点小脾气，但最终它们总能团结一致，共同面对各种挑战，在充满欢乐与惊险的旅程中不断成长。