《大图书馆的牧羊人》故事围绕着主人公笕京太郎展开。他曾因某个事件而内心封闭，远离学校生活。后来，在青梅竹马朝仓音羽的劝说下，京太郎回到了校园。学校里有个名为“大图书馆”的学生组织，专门解决学生们的各种烦恼。京太郎加入其中后，结识了性格各异的伙伴，如傲娇的水泽摩耶、温柔的八重樫雫等。他们在处理学生们的问题过程中，逐渐揭开了一些隐藏在校园背后的秘密，同时京太郎也在与伙伴们的相处中，慢慢打开了自己的心扉，重新找回了生活的热情，在一次次的挑战和成长中，他们收获了珍贵的友情与爱情。