在东京八丈岛近海，建造了一座连接全球警察数据库的海洋设施“太平洋浮标”。某天，该设施的数据泄露，而嫌疑人竟是灰原哀。黑衣组织得知消息后，派出杀手对灰原哀展开追杀。柯南为保护灰原哀，与黑衣组织斗智斗勇。在紧张刺激的追逐中，双方在海上展开了激烈对决。黑衣组织使用各种先进武器，让柯南等人陷入绝境。关键时刻，柯南凭借智慧和勇气，利用滑板、足球等道具化解危机。同时，灰原哀也发挥自己的聪明才智，协助柯南。最终，柯南能否洗清灰原哀的嫌疑，成功击退黑衣组织，保护“太平洋浮标”的安全，成为影片最大的看点。