《名侦探柯南 灰原哀物语～黑铁的神秘列车～》围绕灰原哀展开了一段惊险刺激的故事。铃木园子邀请少年侦探团等人搭乘铃木特快列车前往北海道，灰原哀收到了组织成员“波本”的信件，意识到危险降临。列车行驶途中，发生了神秘的杀人案件。柯南和少年侦探团开始调查真相，而灰原哀也面临着被组织发现的巨大危机。 在调查过程中，各方势力纷纷登场。怪盗基德也以特殊身份混入列车，增添了不少意外元素。波本为了引出灰原哀，精心设计了一系列陷阱。灰原哀一度陷入绝境，但柯南凭借着他的智慧和勇气，一次次化解危机。最终，在列车即将到达终点时，柯南等人成功挫败了组织的阴谋，保护了灰原哀的安全，同时也揭开了列车上杀人案件的真相。整个故事充满了悬疑、推理和紧张刺激的情节，让人看得目不暇接。