在《金刚狼2》中，金刚狼罗根仍沉浸在失去爱人琴·格雷的痛苦中，独自在深山过着隐居生活。此时，他收到了来自日本的邀请。原来，二战时他曾救过的日本军官矢志田，如今生命垂危，想在临终前见他一面。罗根来到日本，却陷入了一个巨大的阴谋。矢志田的孙女真理子告知他，矢志田想剥夺他的自愈能力。之后，罗根不断遭遇各种危险，神秘忍者的追杀、高科技武器的攻击接踵而至。在与敌人的对抗中，他逐渐发现这背后是矢志田公司高层的野心。罗根与真理子等人携手，在危机四伏的环境中一次次化险为夷，最终成功挫败阴谋，捍卫了自己的能力与尊严。