在纽约的下水道中，四只基因突变的乌龟——莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，也就是忍者神龟，渴望能融入人类世界。他们结识了人类女孩艾普尔，在她的帮助下，神龟们开始尝试走出下水道，与人类交流。然而，纽约城此时正面临变种人的威胁，一群由超级反派大脚帮制造的变种怪物在城市中肆虐。神龟们决定挺身而出，与艾普尔一起对抗大脚帮和变种怪物。在战斗过程中，他们不断成长，发挥出各自的优势，莱昂纳多的领导力、拉斐尔的勇猛、米开朗基罗的乐观和多纳泰罗的智慧都起到了关键作用。最终，神龟们凭借团结和勇气，成功击败了大脚帮，保护了纽约城，也赢得了人类的认可，真正融入了人类社会。