小智、小霞和小刚在森林中遇到了一只受伤的时拉比。时拉比是掌管时间的神奇宝贝，拥有穿越时空的能力。它被邪恶的神奇宝贝猎人吉拉祈盯上，吉拉祈妄图抓住时拉比，利用其能力实现自己的野心。在保护时拉比的过程中，小智一行人穿越到了过去的森林。在那里，他们结识了少年雪成，雪成一直守护着森林，与森林中的神奇宝贝们和谐相处。然而，吉拉祈也追了过来，引发了一系列冲突。小智等人与雪成联手，和吉拉祈展开了激烈战斗。最终，他们成功保护了时拉比，时拉比也回到了属于它的时空，森林恢复了往日的宁静，小智一行则带着这段特别的经历继续踏上旅程。