《魔法老师涅吉ANIME FINAL》围绕着年轻的魔法老师涅吉展开。涅吉来到麻帆良学园担任英语教师，同时他还肩负着寻找失散同伴以及完成魔法使命的重任。在学园里，他有一群性格各异的学生，她们在与涅吉的相处中逐渐发现了他魔法师的身份。随着故事推进，学园里不断发生各种与魔法相关的事件，学生们也在涅吉的带领下参与到魔法战斗中。在最终篇章里，涅吉和学生们面临着前所未有的强大敌人，他们需要运用各自的魔法能力和智慧去对抗。学生们在战斗中不断成长，彼此间的羁绊也更加深厚。最终，涅吉和学生们能否战胜敌人，完成使命，守护学园和大家的未来，成为了故事的最大看点。