《变种DNA 3》延续了前作的惊悚风格。昆虫学家苏珊曾为对抗肆虐的传染病，创造出半人半蟑螂的生物“犹大”来消灭传播病毒的蟑螂。多年后，纽约再次陷入危机，一种新的变种生物出现，它们凶猛且繁殖迅速，对人类构成巨大威胁。苏珊的助手彼得和他的团队临危受命，深入纽约的地下隧道展开调查。在探索过程中，他们遭遇了各种危险和诡异的场景，不断有队员丧生。而“犹大”也在这场危机中现身，它似乎有着自己的意识和目的。彼得等人必须在变种生物扩散之前找到解决办法，阻止它们对人类世界的进一步侵袭。