《终极蜘蛛侠第三季》延续前作精彩，蜘蛛侠彼得·帕克继续在纽约市打击犯罪。本季中，他面临着更强大且多样的敌人。章鱼博士带着升级版机械触手卷土重来，妄图掌控城市的科技产业；毒液这一危险共生体也频繁现身，与蜘蛛侠展开激烈对决，其强大力量和疯狂攻击让蜘蛛侠陷入苦战。 同时，蜘蛛侠还要平衡自己的双重身份。在学校里，他是普通学生彼得，要处理与同学、老师的关系，尤其是和格温、玛丽·简的感情纠葛。而在城市的黑暗角落，他化身为正义使者，一次次拯救纽约市民于水火之中。此外，他还与复仇者联盟有了更多互动，共同对抗邪恶势力，在合作中不断成长，提升自己的战斗能力和团队协作能力。