《无间道第二季》延续第一季剧情，刘建明在警队继续潜伏，表面上是前途光明的警界精英，实则内心饱受煎熬。他一边要应对上级的任务，一边又要小心翼翼不暴露自己黑帮卧底的身份。韩琛死后，黑帮势力重新洗牌，新的头目崛起，局势更加复杂。陈永仁虽已牺牲，但他的精神影响着身边的人，黄志诚警官继续追查黑帮余孽，试图彻底捣毁黑帮组织。刘建明在与警方的深入接触中，逐渐对自己的身份产生怀疑，开始渴望真正成为一名警察。而黑帮也察觉到内部可能有警方卧底，开始进行内部排查，刘建明面临着前所未有的危机。在一系列惊心动魄的交锋中，各方势力展开了一场智慧与勇气的较量。