知名舞台剧女演员牧树里收到怪盗基德的预告信，信中表明基德将盗取她佩戴的蓝宝石戒指“命运的宝石”。毛利小五郎受邀保护宝石，柯南和小兰等人也一同来到演出场地。演出期间，基德巧妙伪装混入其中，成功盗走宝石，不过柯南识破其身份并紧追不舍。在激烈追逐中，基德逃脱。之后，牧树里决定搭乘飞机前往北海道，然而飞机上却接连发生意外，机长和副机长相继中毒昏迷。关键时刻，柯南凭借智慧和勇气，与小兰等人一同承担起驾驶飞机的重任。小兰在空中与基德再度相遇，在基德的协助下，他们能否成功让飞机安全降落，解开这一系列谜团呢？